基因组变异类型详解及区分

基因组变异类型详解及区分

基因组变异类型详解及区分

变异是导致基因组差异的最重要因素,主要可分为单个碱基对的变异(SNVs/SNPs)、小的插入或缺失(InDels≤50bp)以及结构变异(SVs>50bp)。今天主要跟大家整理一下这几种常见基因组变异类型。

No.1 | 单个碱基对的变异

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs),单个核苷酸碱基的改变,包括置换、颠换、缺失和插入,导致的核酸序列的多态性,是人类最常见的遗传变异类型。由于具有遗传稳定性强、数量多、分布广等特点,SNP被广泛应用于群体遗传学以及疾病相关基因定位等研究中。

单核苷酸变异(Single Nucleotide Variants,SNVs)是DNA序列中单一核苷酸的变异。有单位点核苷置换,单位点核苷缺失,单位点核苷插入三种常见模式。其中置换模式为基因组上某一单位点核苷变异成另一核苷,缺失模式为基因组上某一位点的核苷缺失,插入模式为基因组上某一单位点核苷重复表达。

SNPs 与 SNVs 二者都是单核苷酸的改变,如果细究起来,还是有些区别的。SNPs一般是针对“群体”而言,且在群体中占据一定比例(well characterized),而SNVs一般是针对“个体”而言,发生频率非常低,不常见 (not well characterized)。

No.2 | 小的插入或缺失

插入和缺失 (insertion-deletion,InDel),指的是在基因组的某个位置上所发生的小片段序列的插入或者缺失,其长度通常在 50bp 以下。与 SNP 不同的是,它并不是单个碱基的变化,而是在基因组中发生不同大小的 DNA 片段的插入或者缺失。它在基因组中的分布频率也是仅次于 SNP,且很多都发生在基因内部甚至是外显子

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